Непонятно зачем через Ajax и PHP генерить javascript код который должен немедленно выполниться, если можно этот код изначально вставить в HTML и вызвать в том же обработчике событии (который вызывает AJAX) после вызова Ajax-а и смены участка html-кода? А если просто хочешь изменить участок html-кода через Ajax, который имеет JavaScript который должен вызваться из других событий (например onclick)то напиши что-то типа этого. Должно работать getElementById('close_'+item).onclick = function(){close_layer(item,newpath); элемент "'close_'+item" добавлен через Ajax