Лучше всего использовать классические инструменты, самый известный rsync, как уже отметил klierik.
Удобней всего настраивать такой бэкап под Linux\MacOS, т. к. инструментарий ещё легко и заскриптовать на баше. Я использую borg (пример как настраивать - https://b.tinyops.ru/linux-backup-with-borg/), его плюс то что он умеет не только полный и инкрементный бэкап, но и дедупликацию, что очень сильно экономит дисковые пространства.
Под Windows придётся страдать 🙂