Здравствуйте.
Для решения этой задачи подойдёт любой Time tracker. Когда-то я вёл учет фриланс-проектов, потом перестал. Как правило у заказчика есть Jira, или же можно вести табличку в Экселе по каждому проекту. Но общий менеджмент, всё же, удобнее вести в одном ПО.
Это решайте сами. На первых порах, как правило, никто не открывает ИП, так как оборотов нет. А потом уже каждый как хочет...
Бухгалтер для ИП будет кстати, это не дорого и там просто сводить баланс.
На этот вопрос нет однозначного ответа. За это отвечает Ваша договорённость с заказчиком. Особенно если он постоянный.
Предположу ситуацию: Вам предоставили на вёрстку проект, эстимэйт которого около 160 часов. Это почти что месяц работы и не хотелось бы попасть в неприятную ситуацию с невыплатой (такое бывает). Можно договорится получать оплату в конце каждой недели после принятия части работы. Выйдёт 4 платежа.
Если работа небольшая то можно пойти на встречу заказчику и поулчить оплату после её выполнения.