Если нужно избавиться от фоновых изображения, я обычно делаю так: выбираю все нужные слои с зажатым ctrl, щелкаю на каком-нибудь правой кнопкой -> создать дубликат слоя -> выбираю создать для слоя новый файл. И там уже все нужные слои без лишних фоновых изображений будут. Далее инструментом Slice все выделяю и "сохранить для Web".
Я бы навигацию сделал не через "ul>li>a", а просто через "a", отображенные инлайн-блоком. конструкция то вроде попроще получается. Или в чем плюсы списка?