Обычно в таких скриптах каждый файл имеет свой уникальный id. Никто и никогда не сохраняет файлы с исходными именами.
Если видите такое поведение - то либо этот скрипт хранит файл по имени как есть, либо в нем есть баг с сохранением. В любом случае с этим должен разбираться автор скрипта. Вы потратите больше времени чем этот скрипт стоит.
Мы в своем скрипте (XFilesharing file sharing script) помимо того что каждому файлу генерируем уникальный ID, так еще и файлы распределяем по разным папкам, т.к. если хранить все в одной папке - будут проблемы с файловой системой (количество inod ограничено). Плюс в базу пишется аналог MD5 хеша (аналог, потому что настоящий md5 по большим файлам долго вычисляется) чтобы исключить хранение дублей (опционально отключается).