Насколько я могу судить по докладу главного разработчика печатной версии Яндекс-карт на недавнем минском WSD, яндексовцы (по крайней мере, те, кто делает карты) — ребята прагматичные и стараются, чтобы решение как можно лучше удовлетворяло 99% пользователей, ориентируясь на результат и особо не заморачиваясь ни абстрактными «хорошо-плохо», ни проблемами оставшегося 1% (ведь недовольные будут всегда). Заменять амперсанды HTML-сущностями нужно только при вставке URLов в HTML-атрибут, при этом в браузерах всё прекрасно работает и без этого (т.е. большинству пользователей никакие добавочные действия не нужны). Скрипты часто переносят в «ленивую загрузку» и т.п., где HTML-сущности были бы только лишними. Без сущностей URL легче читается, добавить их ради валидности проще, чем убрать. Не могу ручаться, что логика была именно такая, но если оно так, вполне могу это понять...