я беру исходник фреймворка как есть. потом создаю gruntfile и описываю всю конфигурацию, в которой я включаю только те js файлы фреймворка, которые по мере разработки требуются. для самого проекта создается его основной less\scss файл, который в начале инклудит кастомные шрифты, потом автоматически сгенерированыне спрайты, потом подключай файл конфигурации bootstrap, потом импортирую свои стили проекта. в файле конфигурации bootstrap я первым делом импортирую mixin\variables с Core Bootstrap. Потом же я импортирую локальные mixin\variables, которые призваны делать overwrite Core файлам бутстрапа. ну а потом импортируется все остальное, что есть в бутстрапе (кроме того что в данном конкретном проекте не требуется) В итоге я получаю в проекте только ту часть бутстрапа, которая мне надо (js\cs), конфигурирую его так как мне надо, опираясь на переменные (и overwrite изменения стилей). При этом я не вношу никаких изменений непосредственно в Core файлы самого фреймворка, а все что пишется является "надстройкой" над ним. Более того, в моих стилях весь environment самого Bootstrap (с учетом overwrite изменений) прозрачно виден и используется при надобности. Вот так, если кратко.